目前，南科大已與超百所境外知名大學在人才培養、教學科研等方面達成合作意向或簽署合作協議，設有70多個境外學習交流交換項目，學生可通過聯合培養、學期交流、學生交換、短期交流等方式，前往倫敦國王學院、麻省理工學院、哥倫比亞大學、約翰霍普金斯大學、不列顛哥倫比亞大學、昆士蘭大學、新加坡國立大學等海外名校學習。同時，南科大設立境外留學獎學金計劃提供資助，讓每一名本科生都有機會出境或出國學習交流。2019年，南科大本科生參加國際交流人數為520余人，資助總額為1600余萬元。