南科大本科招生區域覆蓋全國22個省（自治區、直轄市），具體為：北京、河北、山西、內蒙古、遼寧、上海、江蘇、浙江、安徽、福建、江西、山東、河南、湖北、湖南、廣東、廣西、重慶、四川、貴州、云南、陜西。

南科大本科招生采用基于高考的綜合評價錄取模式（簡稱“631”模式），錄取批次為提前批次。考生有意報考南方科技大學，必須提前在南方科技大學報名系統報名（網址：https://register.sustech.edu.cn），并于高考后參加南科大組織的能力測試（包含機試、面試，浙江、上海考生只需面試）。南科大按照高考成績占60%、能力測試成績占30%、高中平時學業成績占10%（高中學業水平考試成績為7%，綜合素質評價成績為3%），核算考生綜合成績，擇優錄取。