南科大瞄準學科發展前沿，面向國家及區域戰略性新興產業發展的重大需求，以理學、工學學科為主，兼具醫學和特色人文社會科學，在本科、碩士、博士層次辦學，在一系列新的學科方向上開展研究。學校現建有29個本科專業，分別是物理學、應用物理學、化學、生物技術、生物信息學、生物科學、數學與應用數學、統計學、理論與應用力學、海洋科學、地球物理學、生物醫學科學，共12個理學專業，生物醫學工程、微電子科學與技術、光電信息科學與工程、通信工程、信息工程、材料科學與工程、計算機科學與技術、環境科學與工程、水文與水資源工程、機械工程、航空航天工程、智能科學與技術、機器人工程，共13個工學專業，金融數學、金融學、金融工程，共3個經濟學類專業，及臨床醫學1個醫學專業。學校將逐步成立理學院、工學院、生命與健康學院、醫學院、商學院、人文社會科學學院等，每個學院下設若干個系；通過跨學科交叉，建設26個研究中心。