截至目前，南科大已有五屆畢業生，每年畢業生升學就業率都在98%以上。總體統計來看，過去幾屆畢業生中，就業創業占比30%左右，境內保研考研占比30%左右，境外深造占比40%左右。就業部分，畢業生多選擇在珠三角，特別是深圳就業，就業單位包括華為、騰訊、大疆、中國平安等名企；境內深造部分，不少畢業生保研或考研進入北大、清華、中科大、浙大等國內名校；境外深造部分，大部分進入世界名校深造，且多獲得全額獎學金直接攻讀博士學位。

目前，南科大國內研究生推免率（保送率）為每年20%，正在加快往30%調升。