南科大設(shè)立完善的獎助學(xué)金制度。2020年，南科大繼續(xù)設(shè)立"國際英才計劃"獎學(xué)金，提供最高40萬元人民幣，資助高考成績排名省理科前200名（含）、被南方科技大學(xué)錄取的優(yōu)秀新生進入國外頂尖名校學(xué)習(xí)交流一年；繼續(xù)設(shè)立校長特別獎學(xué)金，高考成績排名省理科前400名（含）的新生每人獎勵15萬元人民幣；高考成績排名省理科前1000名（含）的新生每人獎勵10萬元人民幣；繼續(xù)設(shè)立新生獎學(xué)金，覆蓋面約70%，金額從3000元至5萬元不等。

在校學(xué)習(xí)期間，除國家獎學(xué)金、國家勵志獎學(xué)金、優(yōu)秀學(xué)生獎學(xué)金外，南科大還設(shè)有各類單項獎學(xué)金，鼓勵同學(xué)們在學(xué)術(shù)研究、創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)、國際交流、社會責(zé)任、文體藝術(shù)等方面全面發(fā)展。同時，各書院和院系均設(shè)有獎助學(xué)金。

另外，通過助學(xué)金、助學(xué)貸款、勤工助學(xué)、補助補貼等經(jīng)濟資助，解決每一名家庭經(jīng)濟困難學(xué)生的學(xué)費、住宿費和基本生活費，切實做到“應(yīng)助盡助”。