指揮信息系統工程專業主要培養火箭軍指揮控制、計算機及網絡、信息通信領域專業技術人才和指揮管理人才。主要學習計算機技術、信息系統、軍事通信、系統分析與集成和指揮控制的基本理論知識，掌握指揮信息系統分析、設計、評估、優化的基本技能與方法，打牢從事作戰指揮決策支持、信息系統管理集成、高技術裝備使用維護的能力。指揮信息系統工程是全軍重點建設專業，是我校計算機科學與技術一級學科博士授權點的主要支撐，師資力量雄厚，建有軍隊重點實驗室和國家級精品課程等教學平臺，獲國家科技進步獎1項、軍隊或省部級科技進步獎10余項。