蒙醫學包括基礎理論、蒙藥與蒙藥方劑、臨床各科等幾大學科。蒙醫基礎理論主要研究人體生理、病理、疾病的診斷和治療原則以及治療方法等，對臨床各科具有指導意義的一門學科。蒙醫學理論來源于臨床實踐，又反過來指導臨床實踐，并在實踐中不斷得到充實和發展。

蒙醫學基礎、蒙藥學、蒙醫方劑學、蒙藥藥用植物學、蒙藥化學、蒙藥制劑學、蒙藥鑒定學、蒙藥炮制學、蒙藥藥劑學、蒙藥藥理學、蒙藥分析、蒙藥資源、藥事法規、蒙藥志、內蒙古植物藥志、蒙藥材標準等。

包括采藥認藥、制藥實習、臨床見習、畢業實習等，一般安排56周。

本專業培養具備蒙醫學基礎理論和醫療技能以及一定的現代醫學知識，能在本專業和蒙西醫結合方面的醫療、教學、科研等領域從事實際工作的蒙醫學高級專門人才。

本專業學生主要學習蒙醫學基本理論和基礎知識以及一定的現代醫學基本理論知識，受到蒙醫臨床操作和辨證施治的基本訓練，具有運用蒙醫理法方藥防治常見病、多發病的基本能力。

1.掌握蒙醫基礎理論、基本知識和基本技能； 
2.掌握運用蒙醫辨證施治的基本能力； 
3.掌握必要的現代醫學基本理論和基本知識； 
4.熟悉國家及民族醫藥衛生工作方針、政策和法規； 
5.了解蒙醫學理論與學術的發展動態； 
6.掌握文獻檢索、資料查詢的基本方法，具有一定的科學研究和實際工作能力。