第十六條 學校本科實施通識博雅教育，新生入學時不分專業。學生可在大學二年級根據個人興趣和特長自主選擇專業。各省（市）招生主管部門編印的“2019年普通高等學校招生專業和計劃”中的昆山杜克大學招生專業名稱，僅用于學生高考志愿填報。

經教育部批準，目前已經設立的本科專業有：1. 材料科學與工程（材料科學與物理學）；2. 數學與應用數學（應用數學與計算科學）；3. 生物科學（分子生物科學）；4. 化學（化學與環境科學）；5. 全球健康學；6. 環境科學（環境科學與公共政策）；7. 國際事務與國際關系（國際政治經濟學）；8. 歷史學（國際政治經濟學）；9. 數據科學與大數據技術；10. 經濟學（機構和治理）；11. 社會學（文化與社會）；12. 世界史（美國研究）；13. 哲學（倫理與領導力）；14. 數字媒體藝術（媒體與藝術）；15. 英語（全球文化研究）。此外，學校將逐年申請新增專業。預計到2020年，將有約17個專業可供選擇，覆蓋自然科學、社會科學、人文藝術等學科領域。