培養目標：
面向北京及京津冀區域經濟社會發展的需要，能將所學知識應用到藥品、藥用輔料、醫藥中間體以及其他相關產品的技術開發、銷售等實踐中以解決所遇到的復雜問題。具有職業道德、社會責任感和較強的創新意識和創業能力。具有良好的溝通能力和一定的國際交往能力。能夠在制藥及其相關領域的生產、研發企業、科研院所、管理部門等單位從事產品開發、工程設計、生產管理、銷售等高素質的工程技術人才。
培養特色：
教育部“卓越工程師教育培養計劃”試點專業：本專業以“3+1”培養方案為主導，課程體系按模塊進行組合，以化學、生物學，藥學及工程技術為龍頭；以藥物分析、生物制藥技術、化學藥物技術、制藥工程學等課程為核心構建成本專業的核心課程群。

校企融合 協同育人：本專業與北京亦莊生物醫藥園合作開設“生物醫藥園班”，2015年 獲得“北京市級校外人才培養基地”稱號；與北京同仁堂（集團）有限責任公司、北京泰德制藥股份有限公司、華潤雙鶴藥業股份有限公司、北京紅惠新醫藥科技有限公司、北京諾康達醫藥科技有限公司等多家制藥企業和科研單位建立了合作關系，使學生真正參與制藥工程專業的人才培養，為“卓越”計劃的實施創造了良好條件。
就業前景：
自2012年首屆畢業生起至2016年，連續五屆畢業生就業率為100%。學生畢業后部分考取研究生進一步學習深造，其他畢業生可到醫藥及相關領域的產品研發企業、生產企業、營銷企業、科研院所、藥品監督管理部門等單位從事產品開發、生產、管理、營銷、質控檢驗等崗位工作。學校與國外多所大學建立合作關系，在校期間進行短期學習交流；與英國赫瑞•瓦特大學建立”2+2”雙學位聯合培養協議，為學生進一步深造搭建了良好平臺。