生物工程始辦于1952年的發酵工學專業，是當代高科技的主要領域之一，是一門涉及基因工程、細胞工程、酶工程和發酵工程等多學科的工程技術學科。本專業以發酵工程為特色，是全國最早設立的培養生物工程高級技術人才的專業之一。

生物工程專業是國家特色專業，教育部首批“卓越工程師”建設專業、教育部首批專業改革綜合試點專業和江蘇省品牌專業，專業主要面向輕工、發酵等相關國民經濟重要行業培養創新領軍人才，取得了豐富的成效。

該專業以發酵工程為依托，堅持走工業生物技術特色發展之路，將專業建設與科技創新、隊伍建設相結合，專業擁有多個國家級科研平臺，建有一批國家級優秀教學資源，建有包括Sealed Air（荷蘭）實訓基地在內多個國內外實踐基地，同時專業是“國家生命科學技術人才培養基地”主要依托專業，已成為國內領先的我國生物工程產業創新、創業人才的重要培養基地和科研中心。

主干課程：生物化學、微生物學、化工原理、發酵工程原理與技術、生化工程等。

畢業去向：畢業生可在生物工程與工業生物技術領域內從事制藥、環保、氨基酸、有機酸、酶制劑、釀酒、酒精及高附加值生物制品的研究與開發、項目設計、生產管理、商品檢驗、產品營銷與技術服務等工作，也可以考研或出國深造。本專業擁有發酵工程碩士學位授予點（全國第一批）、發酵工程博士點(國內最早)、輕工技術與工程博士后流動站，為畢業生提供進一步深造的優良條件。

近5年來，本專業共培養畢業生700多人，出國深造及攻讀博士的比例為15%，到大中型企事業工作的比例為50%。另有近20名畢業生正在世界排名前200大學，如美國加州大學戴維斯分校、美國伊利諾伊大學芝加哥分校、美國普渡大學、美國華盛頓州立大學等國外高水平大學攻讀博士學位。而在相關大中型企業中，如杰能科、克朗斯、Sealed Air、青島啤酒、日本天野酶制劑株式會社、聯合利華和中糧等，也分布著大量本專業培養的技術骨干。

優秀校友代表：季克良，1964級本科，茅臺酒集團原董事長，榮獲全國“五一”勞動獎章；蒲堅，1978級本科，中信集團副總裁；馮露，1983級本科，南開大學長江學者特聘教授，杰出青年基金獲得者；李寅，1995級本科，中科院工業生物技術研究所副所長，中科院“百人計劃”人選；鄧禹，2002級本科，美國堪薩斯州立大學助理教授；張曉娟，2006級本科，美國達特茅斯學院助理研究員。